Tο Q1 έγινε με τα σύννεφα να έχουν αρχίσει να μαζεύονται πάνω από την πίστα, αλλά την άσφαλτο ακόμη στεγνή. Οι Mercedes βγήκαν από την αρχή με την μεσαία γόμα (την πιο μαλακή από τις δύο διαθέσιμες) και με μία προσπάθεια εξασφάλισαν το πέρασμα στο επόμενο σκέλος. Οι υπόλοιποι έκαναν το λιγότερο δύο γρήγορους γύρους, δοκιμάζοντας και με τις δύο γόμες (σκληρή και μεσαία).

Ο Mehri ήταν ο μόνος από τους δύο οδηγούς της Manor που έκανε χρόνο. Είναι 4 δέκατα πάνω από το 107% του πρώτου χρόνου του σκέλους, οπότε είναι στην ευχέρεια των αγωνοδικών να επιτρέψουν στην ομάδα την συμμετοχή στον αγώνα.

Η McLaren δεν πέτυχε τον στόχο της να περάσει στο Q2 για λίγα δέκατα. Ο Button κέρδισε τον Alonso στην εσωτερική μονομαχία, αλλά αυτό είναι το λιγότερο που έχει σημασία για την ομάδα και τους πιλότους σε αυτή τη φάση. Εκτός του Q2 έμεινε και ο Nasr με την Sauber, μετά το εκπληκτικό ντεμπούτο στην Αυστραλία.

Στη δεύτερη περίοδο των κατατακτήριων όλες οι ομάδες έτρεξαν να βγάλουν τα αυτοκίνητά τους στο pitlane νωρίς για να προλάβουν τη βροχή που φαίνονταν να πλησιάζει απειλητικά. Πρώτος στην σειρά στήθηκε ο Vettel και με ένα εξαιρετικό πρώτο γύρο πήρε το εισιτήριο χωρίς να αγχωθεί. Πίσω του όλα παίχτηκαν στο κυκλοφοριακό. Ο Rosberg επίσης βρήκε έναν καθαρό γύρο και πέρασε με τον πρώτο μάλιστα χρόνο. Ο Hamilton αγχώθηκε αφού βρέθηκε πίσω από τον Raikkonen και τον Ericsson, και τελικά κατάφερε να περάσει 8^ος. Θύμα του κυκλοφοριακού ήταν τελικά ο Φιλανδός οδηγός της Ferrari που έμεινε στην 11^η θέση και έξω από το Q3, θέση που πήρε ο οδηγός της Sauber. Από τους άτυχους μπορεί να χαρακτηριστούν επίσης ο Maldonado και ο Sainz Jr αφού βάσει δυναμικότητας μονοθεσίου και επιδόσεων μέχρι εκείνη την στιγμή, θα μπορούσαν να έχουν διεκδικήσει μια θέση στην τελευταία περίοδο.

Με περίπου 8 λεπτά να απομένουν για την ολοκλήρωση του Q2 η καταιγίδα ξέσπασε και υποχρέωσε όλες τις ομάδες να κρατήσουν τα μονοθέσια στα box. Το Q3 καθυστέρησε περίπου 20 λεπτά να ξεκινήσει, ώστε να κοπάσει η βροχή και να στραγγίσουν τα νερά από το οδόστρωμα.

Με την έναρξη του Q3 είδαμε και πάλι την Ferrari να βγάζει τον Vettel νωρίς για να έχει καθαρή πίστα μπροστά του, με ενδιάμεσα λάστιχα και αρκετά καύσιμα για διαδοχικούς συνεχόμενους γρήγορους γύρους. Την ίδια στρατηγική ακολούθησε και η Red Bull. Η Williams προτίμησε τα λάστιχα για βαριά βροχή, επιλογή που δεν τους βγήκε. Εν τέλει αναγκάστηκαν να σπαταλήσουν τρεις προσπάθειες μέχρι στο τέλος να βάλουν τα ενδιάμεσα και να πετύχουν με άγχος μια 7^η (Massa) και μια 9^η (Bottas) θέση. Στην Williams, τα μονοθέσια της οποίας φαίνονταν πολύ δυσκολοδήγητα στις ελεύθερες δοκιμές, βρίσκονται σε σοκ διαπιστώνοντας ότι έχουν πέσει αρκετά πίσω από την Ferrari, ενώ δυσκολεύονται πολύ και με τις Red Bull και Toro Rosso. 

Οι οδηγοί της Mercedes δεν βιάστηκαν να βγουν στην πίστα. Με ενδιάμεσα λάστιχα και ελαφρύ φορτίο καυσίμου, χτύπησαν από δύο φορές ο καθένας. Ο Rosberg πήρε την προσωρινή pole, για να έρθει λίγο αργότερα ο Hamilton και να τον καταποντήσει με έναν γύρο ταχύτερο κατά 1,2”. Εκείνη την στιγμή 2^ος ήταν ο Vettel, θέση στην οποία για λίγο είχε βρεθεί και ο Verstappen που έδειξε ταχύτητα και εξαιρετική ωριμότητα στις δύσκολες συνθήκες.

Στα τελευταία λεπτά όλοι οι οδηγοί μπήκαν για φρέσκα λάστιχα και βγήκαν για μια τελευταία προσπάθεια. Ο Hamilton δεν βελτίωσε, αντίθετα με τον Vettel που πλησίασε στα 74 χιλιοστά. Ο Γερμανός έκανε έναν συγκλονιστικό γύρο ελέγχοντας με μαεστρία τα γλιστρήματα της Ferrari που πάλευε να βάλει την δύναμή της στην άσφαλτο. Η Scuderia πανηγύρισε την παρουσία στην πρώτη σειρά της εκκίνησης μετά από πολύ καιρό σχεδόν σαν pole.

Ο Rosberg, που ρώταγε από τον ασύρματο αν η πίστα έχει βελτιωθεί και αν οι άλλοι οδηγοί χρησιμοποιούν πουθενά αγωνιστικές γραμμές στεγνού οδοστρώματος, κατέβασε επίσης τον χρόνο του. Αλλά όχι αρκετά για να βρεθεί στην πρώτη σειρά της εκκίνησης.

Στην 4^η και 5^η θέση βρέθηκαν οι Ricciardo και Kvyat, πράγμα παράξενο αν αναλογιστεί κανείς ότι στην Red Bull διαμαρτύρονται για την οδηγισιμότητα του Renault. Και η οδηγισιμότητα είναι το σημαντικότερο χαρακτηριστικό ενός κινητήρα για γρήγορο χρόνο στο βρεγμένο. Η 6^η θέση του Verstappen πιστοποιεί το ταλέντο του νεαρού και δικαιώνει όσους του έδωσαν την ευκαιρία να κάνει το μεγάλο άλμα στην F1 τόσο νωρίς.

Στην τελευταία θέση της 10άδας βρέθηκε ο Ericsson με την Sauber, που εκμεταλλεύτηκε πλήρως τις συνθήκες για ένα καλό αποτέλεσμα, σε μια από τις σπανιότατες φορές που κερδίζει τον ομόσταβλό του σε κατακτήριες δοκιμές.

Κατατακτήριες δοκιμές του Grand Prix Μαλαισίας

Θέση	Πιλότος		No.		Ομάδα	Χρόνος	Γύροι
1	Lewis Hamilton		44		Mercedes	1' 49" 834	13
2	Sebastian Vettel		5		Ferrari	1' 49" 908	13
3	Nico Rosberg		6		Mercedes	1' 50" 299	13
4	Daniel Ricciardo		3		Red Bull	1' 51" 541	16
5	Daniil Kvyat		26		Red Bull	1' 51" 951	16
6	Max Verstappen		33		Toro Rosso	1' 51" 981	16
7	Felipe Massa		19		Williams	1' 52" 473	17
8	Romain Grosjean		8		Lotus	1' 52" 981	18
9	Valtteri Bottas		77		Williams	1' 53" 179	14
10	Marcus Ericsson		9		Sauber	1' 53" 261	18
11	Kimi Räikkönen		7		Ferrari	1' 42" 173	7
12	Pastor Maldonado		13		Lotus	1' 42" 198	11
13	Nico Hülkenberg		27		Force India	1' 43" 023	9
14	Sergio Perez		11		Force India	1' 43" 469	11
15	Carlos Sainz Jr		55		Toro Rosso	1' 43" 701	9
16	Felipe Nasr		12		Sauber	1' 41" 308	7
17	Jenson Button		22		McLaren	1' 41" 636	8
18	Fernando Alonso		14		McLaren	1' 41" 746	8
19	Roberto Merhi		98		Manor Marussia	1' 46" 677	7
20	Will Stevens		28		Manor Marussia	-	0